Учредителем Царицынского православного университета является Волгоградская епархия Русской Православной Церкви.
Официальное открытие Царицынского православного университета в составе трех факультетов: богословского, пастырско-педагогического и экологического – произошло 14 октября 1993 г., на праздник Покрова Божией Матери. Созданию университета способствовала церковно-научная конференция «Преподобный Сергий Радонежский и современный Православный университет», проведенная 22-26 сентября 1992 г. Ректором нового учебного заведения 22 октября 1996 г. Указом Патриарха Алексия II был назначен архиепископ Герман (Тимофеев). С 1999 года получена лицензия Министерства образования Российской Федерации на право образовательной деятельности.
В настоящее время структура университета представлена богословским факультетом и факультетом церковного пения и педагогики.